La baie de San Diego accueille des navires depuis plus de deux siècles, des galions espagnols ancrés en 1769 à la marine des États-Unis établissant son quartier général du Pacifique en 1922.
Aujourd'hui, le port abrite l'une des plus grandes flottes navales en service actif au monde, et les croisières civiles se faufilent entre les porte-avions, les destroyers et les navires d'assaut amphibies amarrés à la base navale de San Diego. Le contraste entre les coques grises militaires et les voiliers de plaisance définit le caractère de la baie.
La géographie naturelle du port — une vallée fluviale submergée protégée par les falaises de grès de Point Loma — crée des eaux calmes toute l'année. La profondeur atteint vingt-sept mètres dans le chenal principal, permettant aux porte-avions de classe Nimitz de manœuvrer sans l'aide de remorqueurs. Les navires civils partent de l'Embarcadero, une promenade en bord de mer construite dans les années 1980 sur des remblais qui ont élargi le rivage d'origine d'environ quatre-vingt-dix mètres. Les navires du Musée maritime, dont le trois-mâts barque en fer Star of India de 1863, bordent les quais nord.
Une croisière dans le port de San Diego suit généralement une boucle de dix-neuf kilomètres, passant sous le dégagement de soixante mètres du pont Coronado et devant la base aéronavale de North Island, où l'aviation embarquée a été inaugurée en 1911. L'itinéraire offre des vues imprenables sur les gratte-ciel du centre-ville — des tours de verre s'élevant derrière les façades victoriennes du Gaslamp Quarter — et revient le long de Shelter Island, une péninsule artificielle créée en 1950 à partir de sédiments dragués. Des phoques communs se reposent sur les bouées de navigation. Des pélicans bruns plongent près des bateaux de pêche.
Les excursions à la voile remplacent les moteurs diesel par l'énergie éolienne, louvoyant à travers la baie sur des catamarans ou des monocoques. Les départs au coucher du soleil s'alignent avec l'horizon du Pacifique au-delà de Point Loma, où l'ancien phare de Point Loma marque l'entrée du port depuis 1855. La lumière du soir colore d'ambre les arches continues en béton du pont de la baie de Coronado. Le trafic maritime commercial diminue après 16h00, laissant des eaux plus calmes pour les embarcations de plaisance. Le mouillage protégé de la baie, près de quarante kilomètres carrés de surface navigable, reste un port actif où la préparation militaire et les loisirs civils occupent le même bassin de marée.
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