Die Bucht von San Diego empfängt seit mehr als zwei Jahrhunderten Schiffe – von spanischen Galeonen, die 1769 vor Anker gingen, bis hin zur United States Navy, die 1922 ihr Hauptquartier für den Pazifik errichtete.
Heute beherbergt der Hafen eine der weltweit größten aktiven Marineflotten, und zivile Kreuzfahrtschiffe bewegen sich zwischen Flugzeugträgern, Zerstörern und amphibischen Angriffsschiffen, die an der Naval Base San Diego festgemacht haben. Der Kontrast zwischen den grauen Rümpfen der Militärschiffe und den Segelbooten der Freizeitsportler bestimmt den Charakter der Bucht.
Die natürliche Geografie des Hafens – ein überflutetes Flusstal, das durch die Sandsteinklippen von Point Loma geschützt ist – sorgt das ganze Jahr über für ruhiges Wasser. Im Hauptschifffahrtskanal erreicht die Tiefe neunzig Fuß (ca. 27 Meter), sodass Flugzeugträger der Nimitz-Klasse ohne die Hilfe von Schleppern manövrieren können. Zivile Schiffe legen vom Embarcadero ab, einer Hafenpromenade, die in den 1980er Jahren auf aufgeschüttetem Land errichtet wurde, das die ursprüngliche Küstenlinie um dreihundert Fuß (ca. 91 Meter) erweiterte. Schiffe des Maritimen Museums, darunter die eiserne Bark „Star of India“ aus dem Jahr 1863, säumen die nördlichen Piers.
Eine Hafenrundfahrt in San Diego folgt normalerweise einer zwölf Meilen (ca. 19 km) langen Strecke, führt unter der zweihundert Fuß (ca. 61 Meter) hohen Coronado Bridge hindurch und passiert die Naval Air Station North Island, wo 1911 die trägergestützte Luftfahrt ihren Anfang nahm. Die Route bietet einen freien Blick auf die Skyline der Innenstadt – Glastürme, die hinter den viktorianischen Fassaden des Gaslamp Quarter aufragen – und führt entlang von Shelter Island zurück, einer künstlichen Halbinsel, die 1950 aus ausgebaggertem Sediment entstand. Seehunde ruhen auf Navigationsbojen. Braunpelikane tauchen in der Nähe von Fischerbooten.
Segeltouren ersetzen Dieselmotoren durch Windkraft und kreuzen mit Katamaranen oder Einrümpfern durch die Bucht. Fahrten zum Sonnenuntergang richten sich nach dem Pazifikhorizont hinter Point Loma, wo der Old Point Loma Lighthouse seit 1855 den Hafeneingang markiert. Das Abendlicht taucht die durchgehenden Betonbögen der Coronado Bay Bridge in Bernsteinfarben. Der kommerzielle Schiffsverkehr nimmt nach 16:00 Uhr ab, was ruhigeres Wasser für Sportboote hinterlässt. Der geschützte Ankerplatz der Bucht mit seinen fünfzehn Quadratmeilen befahrbarer Fläche bleibt ein Arbeitshafen, in dem militärische Einsatzbereitschaft und zivile Freizeit im selben Gezeitenbecken koexistieren.
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