La bahía de San Diego ha acogido embarcaciones durante más de dos siglos, desde los galeones españoles que anclaron en 1769 hasta que la Marina de los Estados Unidos estableció su cuartel general del Pacífico en 1922.
Hoy en día, el puerto alberga una de las flotas navales en activo más grandes del mundo, y los cruceros civiles navegan entre portaaviones, destructores y buques de asalto anfibio atracados en la Base Naval de San Diego. El contraste entre los cascos grises militares y los veleros recreativos define el carácter de la bahía.
La geografía natural del puerto (un valle fluvial inundado protegido por los acantilados de arenisca de Point Loma) crea aguas tranquilas durante todo el año. La profundidad alcanza los noventa pies en el canal de navegación principal, lo que permite que los portaaviones clase Nimitz maniobren sin ayuda de remolcadores. Las embarcaciones civiles parten del Embarcadero, un paseo marítimo construido en la década de 1980 sobre terrenos ganados al mar que ampliaron la costa original en trescientos pies. Los barcos del Museo Marítimo, incluida la barca de hierro Star of India de 1863, se alinean en los muelles del norte.
Un crucero por el puerto de San Diego suele seguir un circuito de doce millas, rodeando por debajo del puente de Coronado (con un espacio libre de doscientos pies) y pasando por la Estación Aeronaval de North Island, donde la aviación basada en portaaviones fue pionera en 1911. La ruta ofrece vistas despejadas del horizonte del centro de la ciudad (torres de cristal que se alzan detrás de las fachadas victorianas del Gaslamp Quarter) y regresa a lo largo de Shelter Island, una península artificial creada en 1950 a partir de sedimentos dragados. Las focas portuarias descansan en las boyas de navegación. Los pelícanos pardos se sumergen cerca de los barcos de pesca.
Los tours de navegación sustituyen los motores diésel por energía eólica, recorriendo la bahía en catamaranes o monocascos. Las salidas al atardecer se alinean con el horizonte del Pacífico más allá de Point Loma, donde el antiguo faro de Point Loma ha marcado la entrada al puerto desde 1855. La luz del atardecer tiñe de ámbar los tramos continuos de hormigón del puente de la bahía de Coronado. El tráfico marítimo comercial disminuye después de las 16:00, dejando aguas más tranquilas para las embarcaciones recreativas. El fondeadero protegido de la bahía, quince millas cuadradas de superficie navegable, sigue siendo un puerto activo donde la preparación militar y el ocio civil ocupan la misma cuenca de marea.
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