La baia di San Diego accoglie imbarcazioni da oltre due secoli, dai galeoni spagnoli che gettarono l'ancora nel 1769 alla Marina degli Stati Uniti che stabilì il suo quartier generale del Pacifico nel 1922.
Oggi il porto ospita una delle più grandi flotte navali in servizio attivo al mondo, e le crociere civili si snodano tra portaerei, cacciatorpediniere e navi da assalto anfibio ormeggiate presso la Base Navale di San Diego. Il contrasto tra gli scafi grigi militari e le barche a vela ricreative definisce il carattere della baia.
La geografia naturale del porto — una valle fluviale sommersa protetta dalle scogliere di arenaria di Point Loma — crea acque calme tutto l'anno. La profondità raggiunge i ventisette metri nel canale di navigazione principale, consentendo alle portaerei di classe Nimitz di manovrare senza l'assistenza di rimorchiatori. Le imbarcazioni civili partono dall'Embarcadero, una passeggiata lungomare costruita negli anni '80 sopra una discarica che ha esteso la linea costiera originale di circa novanta metri. Le navi del Museo Marittimo, tra cui la nave in ferro Star of India del 1863, fiancheggiano i moli settentrionali.
Una crociera nel porto di San Diego segue solitamente un percorso circolare di dodici miglia, passando sotto il Coronado Bridge e superando la Naval Air Station North Island, dove l'aviazione imbarcata fu sperimentata nel 1911. Il percorso offre viste senza ostacoli dello skyline del centro — torri di vetro che si ergono dietro le facciate vittoriane del Gaslamp Quarter — e ritorna lungo Shelter Island, una penisola artificiale creata nel 1950 dai sedimenti dragati. Le foche del porto riposano sulle boe di segnalazione. I pellicani bruni si tuffano vicino alle barche da pesca.
I tour a vela sostituiscono i motori diesel con l'energia del vento, navigando attraverso la baia su catamarani o monoscafo. Le partenze al tramonto si allineano con l'orizzonte del Pacifico oltre Point Loma, dove il vecchio faro segna l'ingresso del porto dal 1855. La luce serale colora d'ambra le campate in cemento del ponte della baia di Coronado. Il traffico navale commerciale si dirada dopo le 16:00, lasciando acque più tranquille per le imbarcazioni ricreative. L'ancoraggio protetto della baia, quindici miglia quadrate di superficie navigabile, rimane un porto attivo dove la prontezza militare e il tempo libero civile occupano lo stesso bacino di marea.
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